Choroby autoimmunologiczne są trudne do zdiagnozowania i wymagają skomplikowanego, często długotrwałego leczenia. Osteopatia działa wspomagająco przy niektórych z nich, jest skuteczna m.in. w leczeniu chorób tarczycy (np. Hashimoto) czy zespołu jelita drażliwego. Łagodzi także objawy towarzyszące stwardnieniu rozsianemu (poprzez równoważenie somatycznego układu nerwowego).